SmallRNA分析

　　SmallRNA是一类长度在20～30nt的RNA分子，主要包括miRNA、siRNA和piRNA等。SmallRNA能够调控基因的表达，在细胞的生长、发育、代谢等基础生物学过程中扮演着重要的角色，甚至在癌症等相关疾病形成过程中起着关键的作用。第二代高通量测序技术省去了烦琐的SmallRNA克隆文库构建过程，可以一次性产生上百万条SmallRNA序列，能够快速鉴定特定条件下表达的已知SmallRNA并发现新的SmallRNA，同时还可以研究不同条件下SmallRNA的表达差异，并可以联合表达谱数据进行关联分析。

有以下种类：

　　（1）差异表达miRNA的聚类热图分析

　　（2）差异表达miRNA调控靶基因分析和结合位点预测分析

　　（3）差异表达miRNA的功能富集分析

　　（4）竞争性内源RNA(competingendogenousRNA,ceRNA)分析

　　（5）转录因子(TF)-miRNA分析

　　（6）其他分析如：miRNA活性分析，miRNA功能协同网络分析，miRNA共表达分析，miRNA结构预测等等。

GWAS-差异SNP位点注释及可视化

　　全基因组关联分析（Genome-wideassociationstudy）是指在人类全基因组范围内找出存在的序列变异，即单核苷酸多态性（SNP），从中筛选出与疾病相关的SNPs。并对其进行注释以及可视化。

数据深度分析

　　（1）microRNA靶基因预测

　　microRNA可以通过与mRNA结合的方式，起到降解mRNA或抑制mRNA翻译的作用。microRNA靶基因预测分析通过整合多个数据库的信息，预测差异表达microRNA可能结合的靶基因。

　　本研究服务与测序公司或芯片公司提供的基础的靶基因预测不同（通常采用一些常规的miRNA数据库进行预测），我们会结合芯片或测序的结果，以及作者提供的样本的生物学特征，以及梅斯医学独有的预测和分析技术，为客户提供具有高价值的预测结果，有助于开展下一步临床工作。

　　(2)表达谱深度分析

　　在常规的GO（Geneontology）和KEGGPathway分析基础上，根据基因功能及基因定位，分析潜在临床意义或科学意义的基因功能表达簇，方便研究成果的发表，以及下一步进行有计划地深入研究。

　　本分析结果提供给客户一组有明确意义的差异基因。不同于常规分析出大量的上调和下调的基因，有些基因表达有差异，但功能并不明确，有些可能是已明确功能，但是没有太大的创新性的。或者做表达谱后，没有进行深入地挖掘，致使大量数据闲置。

　　（3）非编码RNA靶标分析

　　非编码RNA（lncRNA、circRNA等）由于不翻译蛋白，所以有些功能还不清楚，此分析可以通过统计学方法，计算非编码RNA与编码RNA表达量的相关性，利用其共表达关系，推断非编码RNA的功能。

　　（4）蛋白互作与共表达分析

　　1通过统计学方法，计算基因之间表达量的相关性，构建共表达网络，以推断未知基因的功能。

　　2蛋白互作网络图：蛋白之间的相互作用是在很多生物过程的基础性作用，有许多重要的生物功能。此分析利用生物信息工具，构建蛋白互作网络图，帮助推断差异蛋白的功能。